mRNA seq

mRNA测序（mRNA-seq）是一种基于高通量测序技术（NGS）的研究方法，

通过捕获特定状态下细胞或组织中所有带poly-A尾的mRNA，分析基因表达水平、

转录本结构、可变剪切及新转录本发现等。

其核心优势在于无需参考基因组信息，适用于任意物种，广泛应用于疾病机制、药物开发、功能基因组学等领域。

服务内容与技术特点

1. 服务类型  

   - 基因组的转录组测序：针对已知基因组的物种，分析基因表达差异、可变剪切及功能注释。  

   - 链特异性测序：区分正链与负链转录本，提高注释精度。  

   - 微量/降解样本测序：支持低至10 pg RNA或部分降解样本（如临床样本），采用去rRNA试剂盒保留有效信息。  

   - 疾病特异性分析：整合疾病相关数据库（如癌症、神经退行性疾病），筛选候选基因及通路。  

2. 技术优势  

   - 高灵敏度：可检测低丰度转录本，覆盖重复序列及同源序列。  

   - 高准确性：单核苷酸分辨率，区分高度同源RNA分子。  

   - 均一覆盖：随机文库构建策略减少偏差，提升转录本组装可信度。  

   - 全转录本分析：支持新基因发现、可变剪切预测及非编码RNA检测。  

3. 测序平台与数据量  

   - 平台：Illumina NovaSeq 6000，测序深度通常为12 Gb。  

   - 数据分析：包括原始质控、比对、差异表达分析、功能富集（GO/KEGG）、可变剪切分析及共表达网络构建。  

样本要求与处理

1. 样本类型  

   - 适用样本：细胞、新鲜组织、全血、血清、石蜡切片（FFPE）或总RNA。  

   - 特殊样本：植物、微生物（需评估基因组注释信息）。  

2. 样本量与质量  

   - RNA量：总RNA≥2 μg（真核生物），浓度≥100 ng/μl，RIN值≥7，28S/18S≥1.5。  

   - 微量样本：单细胞（~10 pg RNA）或低起始量样本需特殊建库方法。  

3. 保存与运输  

   - 保存条件：液氮速冻或-80℃保存，避免反复冻融；RNA可溶于无RNase水或乙醇。  

   - 运输方式：干冰运输，样本分装至1.5 mL离心管并密封。  

应用领域

1. 疾病研究：揭示癌症、免疫疾病等分子机制，筛选诊断标志物。  

2. 药物开发：分析药物处理后的基因表达变化，指导靶点发现。  

3. 功能基因组学：注释新基因、解析可变剪切及非编码RNA功能。  

4. 农业与生态：研究植物抗逆性、微生物代谢途径。  

注意事项

1. 样本完整性：RNA降解会显著影响poly-A捕获效率，需确保RIN≥7。  

2. 实验设计：明确分组与生物学重复（建议≥3），避免样本间差异干扰结果。  

3. 数据分析定制：根据研究目标选择分析模块（如GSEA、WGCNA），部分公司提供在线云平台调整参数。