cicrRNA seq

circRNA（环状RNA）是一类闭合环状结构的非编码RNA，具有组织特异性、稳定性强及调控功能多样等特点。

其测序服务通过高通量测序技术（如Illumina平台）富集并鉴定circRNA，解析其在疾病发生、发育及环境适应中的作用。

核心服务内容包括：

- circRNA鉴定：通过去除rRNA和线性RNA富集circRNA，结合测序数据识别反向剪接位点。

- 差异表达分析：筛选组间差异表达的circRNA，关联疾病表型或发育阶段。

- 功能注释：GO/KEGG富集分析、miRNA结合位点预测（ceRNA网络构建）及编码潜能评估。

- 物种覆盖：支持人、小鼠、大鼠、植物（水稻、拟南芥等）及微生物。

样本要求与注意事项

1. 样本类型  

   - 组织样本：动物内脏/脑组织≥0.5g，脂肪/皮肤等≥2g；植物叶片/根≥0.8g。  

   - 细胞样本：≥1×10⁷个细胞，需用TRIzol处理后液氮速冻。  

   - 血液样本：全血/血清/血浆≥3mL，推荐EDTA抗凝管，避免肝素。  

   - 总RNA：总量≥2μg，浓度≥50ng/μL，RIN≥7，28S/18S≥1.5。  

2. 保存与运输  

   - 组织/细胞：液氮速冻后-80℃保存，或用RNAlater处理。  

   - RNA：分装后-80℃保存，避免反复冻融；运输需干冰。  

   - 血液：EDTA抗凝管密封，4℃短期保存或液氮速冻长期存储。  

3. 特殊样本  

   - FFPE组织：需脱蜡处理并提取RNA。  

   - 微生物：需评估基因组注释信息，避免复杂菌群干扰。  

 服务流程

1. 样本处理与质检  

   - 提取总RNA，检测纯度（OD260/280=1.8-2.2）及完整性（RIN≥7）。  

   - 使用Ribo-Zero或RNase R去除rRNA和线性RNA，富集circRNA。  

2. 文库构建与测序  

   - 链特异性建库，采用Illumina NovaSeq 6000或HiSeq平台，PE150测序模式，数据量推荐8-10G/样本。  

3. 数据分析  

   - 基础分析：原始数据质控、比对（如TopHat2）、circRNA预测（CircExplorer2/CIRI）及定量。  

   - 高级分析：  

     - 差异表达：筛选Fold Change≥2且P<0.05的circRNA。  

     - 功能注释：GO/KEGG富集、来源基因分析。  

     - ceRNA网络：预测circRNA与miRNA/mRNA的相互作用。  

4. 报告交付  

   - 提供标准化分析报告，含图表（火山图、热图、网络图）及注释结果。  

服务周期

- 常规项目：30-60天（含样本处理、测序及分析）。  

- 加急服务：部分服务商提供20天快速通道（需额外付费）。  

- 大规模队列：按样本量分批处理，周期延长至60-90天。  

 注意事项

- 实验设计：建议设置≥3生物学重复，避免个体差异干扰。  

- 数据验证：推荐qPCR验证关键circRNA表达水平。  

- 成本控制：低起始量样本（如微量组织）需评估测序深度与价格平衡。