lncRNA seq

lncRNA（长链非编码RNA）测序是一种通过高通量测序技术（如Illumina平台）系统研究长度超过200 nt的非编码RNA的技术，

重点关注其在表观遗传、转录调控及疾病发生中的作用。

核心服务内容包括：

- 差异表达分析：筛选组间差异表达的lncRNA，关联疾病表型或发育阶段。

- 靶基因预测：通过顺式（邻近基因）或反式（共表达）作用预测lncRNA调控的靶基因。

- 功能注释：GO/KEGG富集分析、ceRNA网络构建及编码潜能评估（部分lncRNA可编码短肽）。

- 物种覆盖：支持人、小鼠、大鼠、植物（水稻、拟南芥等）及微生物。

技术优势：

- 链特异性建库：区分正链/负链转录本，提升注释精度。

- 多组学整合：支持lncRNA与mRNA联合分析，揭示调控网络。

- 高灵敏度：可检测低丰度lncRNA，覆盖复杂基因组区域。

应用领域：

- 医学：癌症标志物筛选、肿瘤发生机制研究。

- 农学：植物抗逆性、器官发育调控。

- 基础研究：可变剪切、非编码RNA翻译功能探索。

样本要求与注意事项

1. 样本类型  

   - 组织样本：动物内脏/脑组织≥0.5g，植物叶片/根≥0.8g。  

   - 细胞样本：≥1×10⁷个细胞，需用TRIzol处理后液氮速冻。  

   - 血液样本：全血/血清/血浆≥3mL（EDTA抗凝管），避免肝素。  

   - 总RNA：总量≥5 μg（常规）或≥2 μg（微量），浓度≥500 ng/μl，RIN≥7，28S/18S≥1.5。   

2. 质量与保存  

   - RNA完整性：避免反复冻融，使用RNase-free试剂提取，分装后-80℃保存。  

   - 特殊样本：FFPE组织需脱蜡处理，植物叶片需液氮速冻。  

3. 运输要求  

   - 常规样本：干冰运输，样本分装至1.5 mL离心管并密封。  

   - 活体样本：液氮速冻后超低温运输，避免反复冻融。  

服务流程

1. 样本处理与质检  

   - 提取总RNA，检测纯度（OD260/280=1.8-2.2）及完整性（RIN≥7）。  

   - 使用Ribo-Zero或RNase R去除rRNA，富集lncRNA。  

2. 文库构建与测序  

   - 链特异性建库，采用Illumina NovaSeq 6000或HiSeq平台，PE150测序模式，数据量推荐10-12 G/样本。  

3. 数据分析  

   - 基础分析：原始数据质控、比对（如TopHat2）、lncRNA预测（CPC2/CNCI/CPAT）及定量。  

   - 高级分析：  

     - 差异表达：筛选Fold Change≥2且P<0.05的lncRNA。  

     - 功能注释：GO/KEGG富集、ceRNA网络构建。  

     - 靶基因预测：顺式（邻近基因）或反式（共表达）调控分析。  

4. 报告交付  

   - 提供标准化分析报告，含图表（火山图、热图、网络图）及注释结果。  

服务周期

- 常规项目：30-60天（含样本处理、测序及分析）。  

- 加急服务：部分服务商提供20天快速通道（需额外付费）。  

- 大规模队列：按样本量分批处理，周期延长至60-90天。  

注意事项

- 实验设计：建议设置≥3生物学重复，避免个体差异干扰。  

- 数据验证：推荐qPCR验证关键lncRNA表达水平。  

- 成本控制：低起始量样本（如微量组织）需评估测序深度与价格平衡。  

如需具体报价或实验方案设计，联系我们获取定制化支持。