Nanopore seq

Nanopore测序（第三代测序技术）基于单分子实时电信号检测，通过纳米孔（生物蛋白孔或固态材料孔）

识别DNA/RNA分子通过时产生的电流变化，直接读取碱基序列。其核心优势包括：

- 超长读长：可达100 kb以上，甚至Mb级，解决重复序列和复杂结构变异的检测难题。

- 实时分析：数据即时输出，支持动态监测（如病原体快速检测）。

- 无需PCR扩增：避免扩增偏差，保留原始分子信息。

- 直接检测修饰：单碱基分辨率识别甲基化（如m6A、m5C）等表观标记。

- 高灵活性：支持便携式设备（MinION）到超高通量平台（PromethION 24）。

服务内容与技术特点

1. 核心服务类型  

   - 全基因组测序：复杂基因组组装（如多倍体、高重复序列物种）、结构变异检测。  

   - 全长转录组测序：直接捕获RNA分子，解析可变剪切、融合基因及RNA修饰（如m6A）。  

   - 甲基化分析：无需化学处理，直接检测DNA/RNA碱基修饰。  

   - 微生物多样性研究：16S/18S/ITS全长测序，实现“种”水平注释。  

   - 实时监测：传染病病原体追踪、肿瘤动态演化分析。  

2. 技术优势  

   - 高准确性：R10.4.1芯片原始准确率>99.9%，纠错后可达Q28。  

   - 跨区域覆盖：解析高GC/AT、串联重复等复杂区域。  

   - 多组学整合：支持DNA、RNA、甲基化同步测序。  

3. 应用领域  

   - 医学：肿瘤基因组、遗传病检测、表观遗传调控。  

   - 农业：作物基因组、根际微生物互作。  

   - 环境：土壤/海洋微生物组、污染物降解菌分析。  

   - 工业：质粒质量控制、工程菌开发。  

样本要求与处理

1. 样本类型  

   - DNA：总DNA≥50 ng（全基因组需主带>100 kb），浓度≥25 ng/μl，OD260/280=1.8-2.0。  

   - RNA：总RNA≥2 μg（RIN≥7），需保留poly-A尾（全长转录组）。  

   - 微生物：土壤/水体样本需无菌过滤（0.22 μm滤膜），菌液需新鲜或甘油保存。   

2. 质量与保存  

   - DNA：避免反复冻融，液氮速冻后-80℃保存；降解样本需使用低起始量建库方案。  

   - RNA：使用RNase-free试剂提取，分装后-80℃保存，运输需干冰。  

   - 特殊样本：FFPE组织需脱蜡处理，植物叶片需液氮速冻。  

3. 运输要求  

   - 常规样本：干冰运输，样本分装至1.5 mL离心管并密封。  

   - 活体样本：液氮速冻后超低温运输，避免反复冻融。  

服务流程与周期

1. 建库流程  

   - DNA：末端修复→加接头→文库质检→上机测序（PromethION 24单次运行可完成24张芯片）。  

   - RNA：直接测序（DRS技术）或cDNA合成后建库。  

2. 数据分析  

   - 基础分析：原始数据质控、比对、变异检测、甲基化位点注释。  

   - 高级分析：转录本定量、可变剪切分析、功能富集（GO/KEGG）。  

3. 交付周期  

   - 常规项目：7-15个工作日（质粒测序72小时内出结果）。  

   - 大规模队列：按芯片数量分批交付，支持云平台数据下载。